舞台は地球。地球には司令官オプティマスプライムが率いる6体のオートボットが、悪の軍団・ディセプティコンの出現に備えて身を潜めていた。
破壊大帝メガトロン率いるディセプティコンは、地球に眠るエネルギーを求めて、地球を手に入れようと企んでいた。そんな中、オートボットたちはひょんなことから3人の人間の子供たちと行動を共にするようになる。オートボットと子供たちは、強いチームワークでディセプティコンに立ち向かう!
破壊大帝メガトロンの指揮のもと、ディセプティコンは次々と襲い掛かってくる!果たしてオートボットと子供たちは、地球を守りきることができるのだろうか!?