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近未来 の日本。
TYPE-E能力者達は、自分の力に気付かずに生活している・・・・・・。

自分の周りの電気機器 が壊れまくり、思い悩むOL・美晴。
そんな彼女の所に、ある日数名の男性 が現れ、危険が迫っていると言って美晴を連れ去ろうとする。
そこへ、虹色に輝くボディースーツを着込んだ女性二人組が颯爽と現れた！
銃撃や体撃で交戦し、無理矢理美晴を車に押し込もうとする男性たち。
だが、スバ抜けた身体能力を持つ女性二人組は男性達を倒し、美晴を助ける。

女性二人の素顔は・・・・・・寡黙なTYPE-E能力者、君塚麻織 ・17歳と
陽気なTYPE-E能力者、海老原千波美 ・22歳（第1部『CODE-E』ヒロイン）。

二人はTYPE-E能力者のについて、語り始める。。。
麻織＆千波美が所属する、“TYPE-E能力者の社会適合 を目的とした<OZ>と
先の男性達が所属する、“TYPE-E能力者の隔離・管理を標榜 する<ファウンデーション>が敵対している。

執拗に追い込むファウンデーション！華麗にそして優しく包み込むOZ！
TYPE-E能力者をめぐり、複雑に絡み合う それぞれの思惑。

運命は…対立か?! 共存か?!